Westlich vom Dorf liegt die größte und wohl auch kontroverseste Wasserfläche Helmlingens. Der Baggersee ist komplett künstlich entstanden, um das „Gold Rheinaus“, vor allem Kies und Sand, abzubauen, welches der Rhein hier mit der Zeit reichlich angeschwemmt hat. Der See ist nun schon so groß, dass die gesamte bebaute Fläche des Dorfes in ihm Platz hätte. Er misst insgesamt 48 Hektar und laut Gehnemigung ist er bis zu 60 m tief.
Da es sich bei dem Gewässer um ein Abbaugebiet handelt, ist es einer ständigen künstlichen Veränderung ausgesetzt. Der Schwimmbagger des Kieswerks befindet sich fast täglich in Betrieb und baggert den See weiter aus.
Hier liegt auch die große Kontroverse dieses Sees. Er ist Fluch und Segen zugleich. Zwar ist er als Angel- und Badegewässer sehr beliebt und bringt der Stadt viel Geld, allerdings kann nicht abgestritten werden, wie stark die Natur darunter bis heute leiden muss. Dort wo sich der See heute befindet waren früher viele Altwasser, Tümpel und Wälder. Dies und der einst geplante, glücklicherweise gekippte, Kiesabbau im Gewann Gayling machen denn See in den Augen vieler nicht gerade zu einem schönen Anblick.
Dieser See entstand aus einer alten Kiesgrube. Ungefähr zwei Drittel befinden sich auf Helmlingens Gemarkung, der Rest gehört zu Scherzheim. Komischerweise ist das Stück, welches zu Helmlingen gehört, als staatliches Biotop ausgewiesen, das Scherzheimer Stück aber nicht. Der See hat eine Wasserfläche von ungefähr 0,4 Hektar. Der Name des Sees hat nichts mit dem Gemüse zu tun, sondern kommt von dem Scherzheimer Gewann „Erb“, an dessen südlichen Rand er sich befindet.
Ähnlich wie das Herrenwasser ist auch der Erbsee ein Vereinsgewässer des Angelvereins Helmlingen-Muckenschopf. Seit 1990 besitzt der Verein das Gewässer. Insgesamt 70000 DM musste er damals dafür bezahlen. Im Jahre 2013 hat der Verein speziell gezüchtete Bakterien in den See eingesetzt, um die Wasserqualität zu verbessen.
Als Angelgewässer ist der Erbsee allgemein recht beliebt. Jährlich findet hier ein Wettangeln statt, bei dem der „Anglerkönig“ gekrönt wir. Auch einige andere kleine Feste finden hier statt.
Der Staufersee ist das letzte Überbleibsel von dem großen Altrhein, der sich einst beim Grünwald befand. Wie es der Name schon sagt, gehört der See heutzutage der Familie Staufer. Im Verlaufe der Jahre hat sich das Bild des Staufersees stark verändert: Die größere der beiden Inseln ist künstlich entstanden, allgemein wurde der See durch Ausbaggerungen vergrößert und vertieft. Inzwischen ist es auch eher schwer zu erkennen, dass das Gewässer ein Altrhein war. Durch die künstlichen Maßnahmen kommt es dem Erbsee näher als beispielweise dem Herrenwasser.
Da es sich bei dem See und der umliegenden Wiese um Privatgelände handelt, ist es leider nicht möglich, das Gelände ohne Erlaubnis zu betreten.
Der Bickelweiher ist ein kleiner, künstlicher Teich der auf dem Gelände der Firma Bickel Tec liegt. An sich ist es auch das kleinste Stillgewässer in Helmlingen. Der Weiher ist mit einigen Wasserpflanzen bewachsen, Sträucher und Birken umsäumen das Ufer. Im Wasser selbst leben einige Fischarten und sogar ein paar Schildkröten. Ein Teichsprinkler befindet sich am Westufer. Dieser sorgt für einen leichten Wellengang.